Kuşadası'nın en parlak dönemi, Efes'in geç antik çağda ve erken Orta Çağ'da buradaki limanın artan alüvyon nedeniyle gerilemesi ile başladı. 15. yüzyıla kadar şehir, Scala Nova adı altında Venedik Cumhuriyeti ve Cenova Cumhuriyeti'nin ticaret merkeziydi. 1413 yılında Sultan I. Mehmed yönetimindeki Osmanlılar, o andan itibaren Osmanlı İmparatorluğu'na ait olan şehri fethetti.
Zeus Mağarası (Türkçe: Zeus Mağarası), Kuşadası yakınlarında su dolu bir mağaradır.